Fakultas Ilmu Kesehatan didirikan berdasarkan SK Badan Pelaksana Harian (BPH) Universitas Muhammadiyah Purwokerto Nomor: A.1/121- S.Kep/BPH/UMP/XI/2005 tanggal 16 November 2005.
Fakultas Ilmu Kesehatan merupakan gabungan dari tiga program studi yaitu:
- Program Studi Keperawatan D-3, integrasi dari AKPER Muhammadiyah Purwokerto ke Universitas Muhammadiyah Purwokerto berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor: 21/D/O/2000 tanggal 9 Oktober 2000.
- Program Studi Ilmu Keperawatan S-1 (dibuka pada tahun akademik 2004-2005 berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 3143/D/T/2004 tanggal 12 Agustus 2004).
- Program Studi Kebidanan D-III yang dibuka mulai tahun akademik 2007- 2008 dengan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 2745/D/T/2007 tanggal 14 September 2007.
Dalam perkembangannya selanjutnya, Fakultas Ilmu Kesehatan mendirikan beberapa program studi yaitu:
- Program Pendidikan Ners berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 163/E/O/2011.
- Pada tanggal 20 Januari 2016 ada penambahan prodi baru yaitu program studi Teknologi Laboratorium Medik (TLM) sesuai surat keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Indonesia No. 48/KPT/I/2016.
- Selanjutnya berdasarkan Keputusan Menteri Riset, teknologi dan Pendidikan Tinggi RI No.616/KPT/I/2017 dibuka Prodi Profesi Bidan tanggal 9 November 2017.
- Sarjana Kebidanan dengan Surat keputusan Nomor 1025/KPT/I/2018 pada tanggal 15 November 2018.
- Pengembangan program Diploma Empat (D-4) pada tahap kedua secara berurutan mulai dibuka berdasarkan surat keputusan Menteri Nomor: 830/KPT/2018 tanggal 3 Oktober 2018 pembukaan Prodi Teknik Rekayasa Elektro-Medis.
- Kemudian Surat keputusan Nomor: 1200/ KPT/I/2018 tanggal 28 Desember 2018 berdiri Prodi Teknologi Radiologi Pencitraan (TRP).
- Prodi Keperawatan Anestesiologi D-4. dibuka tanggal 30 April 2019 berdasarkan surat keputusan Nomor 313/KPT/I//2019.
- Prodi Manajemen Informasi Kesehatan D-4 dibuka dengan Keputusan Menteri Nomor 399/KPT/I/2019 tertanggal 2 Mei 2019.
- Sesuai rencana strategis fakultas di tahun 2023 FIKES menambah program studi baru pascasarjana yaitu Magister Keperawatan sesuai dengan SK dari Kementrian Pendidikan Kebudayaan Riset dan Teknologi No : 5917/E1/HK.03.00/2023.

